Depuis 1937, la Fédération des gemmeurs et métayers du Sud-Ouest qui rassemble l'essentiel des syndicats des ouvriers résiniers, est affiliée à la C.G.T.. Le congrès de décembre 1944 relance les activités des syndicats dont les gemmeurs, souvent proches de la S.F.I.O. et du P.C.F., manifestent leurs inquiétudes devant les menaces qui pèsent sur l'exploitation des ressources de la forêt. Les mots d'ordre défensifs sont associés à des revendications visant à tirer d'avantage profit des fruits de la vente de la gemme, qui prennent d'autant plus de poids que le prix de la gemme se relève.

Les débats politiques et syndicalistes de la Libération touchent la Fédération des gemmeurs et métayers du Sud-Ouest. Son affiliation à la C.G.T. est l'objet d'une multitude de discussions car les gemmeurs, fort d'une longue tradition de mobilisation syndicale, sont sollicités par plusieurs organisations. Lors du Congrès de Dax de la C.G.A., le 10 mars 1945, Gilbert Pénicaut appelle les métayers gemmeurs à constituer des syndicats d'exploitants agricoles, afin de faciliter le rapprochement entre les métayers forestiers du Nord et les métayers agricoles de Chalosse. L'objectif des dirigeants de la C.G.A. est en effet de fonder un vaste rassemblement syndical ouvert aux différents milieux ruraux. Néanmoins, contrairement aux paysans de la Chalosse, l'identité ouvrière des gemmeurs est importante : le sentiment d'appartenance au monde ouvrier constitue un frein à l'adhésion à la C.G.A. qui signifierait une désaffiliation de la C.G.T..

En 1947, les responsables du syndicat Force Ouvrière lancent également un appel aux ouvriers résiniers. Ils les invitent à conquérir leur indépendance à l'égard de la C.G.T. qu'ils associent au P.C.F.. Formulé dans les Landes par Charles Prat, Dominique Caussèque et Jean Duclos, l'appel insiste sur la nécessite de constituer une organisation uniquement syndicale débarrassée de liens politiques et attentive aux seuls intérêts de la corporation des gemmeurs.

La séparation a lieu l'année suivante, lors d'un congrès de la Fédération des gemmeurs et métayers du Sud-Ouest qui se tient à Saint-Julien-en-Born. La scission est cependant limitée : 90 % des délégués se prononcent pour le maintien de l'affiliation à la C.G.T. et seul un nombre restreint de sections syndicale rejoignent FO. Si les défections sont peu nombreuses, l'unité syndicale qui caractérisait la corporation des gemmeurs est entamée. Désormais deux centrales syndicales cohabitent : la Fédération des gemmeurs et métayers du Sud-Ouest liée à la C.G.T., et la Fédération Indépendante des Gemmeurs et Métayers du Sud-Ouest affiliée à FO. Cette dernière fédération, plus réduite, est créé en 1950 lors d'un congrès fondateur à Morcenx sous l'impulsion de Louis Duclos et François Sentuc notamment.

A côté de ces deux fédérations syndicales, l'Union Corporative des Résineux (U.C.R.) est un organisme jouant un rôle essentiel pour la gestion des intérêts des gemmeurs et sylviculteurs. Fondée en mars 1939 par des gemmeurs et des propriétaires, elle a notamment pour fonction de régir la production et de fixer le prix de la gemme en début de campagne. Malgré l'attitude de ses responsables durant l'Occupation, cette organisation interprofessionnelle et corporative est reconstituée à la Libération, à l'occasion d'un congrès qui se tient à Morcenx. Ce congrès de refondation est présidé par Saillant, secrétaire général de la fédération nationale C.G.T. des travailleurs du bois et parties similaires et président du Conseil National de la Résistance, assisté de Leloup, le Directeur général des eaux et forêts. Le principal problème, rencontré par les délégués, est la reconstitution du conseil d'administration car la plupart des représentants sylviculteurs sont en prison pour collaboration. Dans ce contexte Charles Prat, déjà secrétaire général de la fédération des gemmeurs, devient également président de l'U.C.R..

L'U.C.R. se dote en 1945 d'un mensuel corporatif Le Gemmeur qui est en réalité une feuille recto-verso. Les articles sont essentiellement rédigés par Charles PRAT puis par Dominique Caussèque, permanent de l'U.C.R.. Après une fondation encourageante, le nombre d'adhérents de l'organisme décline rapidement et l'U.C.R. développe des actions essentiellement institutionnelles de gestion. Le prix de la gemme et les salaires étant fixés par l'Etat depuis la fin de la guerre, l'organisation assure en effet un rôle administratif en régissant l'ensemble du circuit économique dans le cadre d'une politique d'économie dirigée.

Durant cette période, les revenus des gemmeurs sont donc garantis puis le système s'interrompt en 1952. Après la réparation des destructions de guerre, la loi du marché est en effet à nouveau appliquée aux produits résineux : les prix ne sont plus garantis et l'U.C.R. reprend son rôle de contrôle du prix de la gemme. L'U.C.R. gère la production et la vente des produits résineux. Nombre de syndiqués voient dans l'activité corporative de Charles Prat un mélange entre expression syndicale et professionnelle néfaste pour les revendications des gemmeurs. La collusion de l'U.C.R. avec les propriétaires est d'autant plus dénoncée que les gemmeurs restent minoritaires dans cet organe corporatif.