Les militants communistes se trouvent dans une situation particulière au moment de la défaite de l'armée française. Ayant soutenu le traité germano-soviétique, signé le 23 août 1939, le Parti communiste français et ses organisations ont en effet été dissous le 26 septembre, et, en octobre, les parlementaires communistes sont arrêtés.

André Moine, principal dirigeant communiste des Landes et des Basses-Pyrénées est ainsi contraint de quitter la région, avant d'être arrêté le 30 août 1939, à Oléron, puis interné dans différents camps de prisonniers, en France et en Afrique du Nord. Georges Lassalle, ancien maire de Boucau, est quant à lui arrêté le 9 novembre 1940, à Tarbes, puis interné à Gurs. Du fait de la répression qui s'abat sur lui depuis la fin de l'année 1939, le P.C.F., déjà faible dans les Landes, est rapidement décimé et désorganisé.

De plus, dans le département, le pôle de l'implantation communiste correspond à la région de Boucau-Tarnos, qui est en zone occupée. Pourtant, malgré la répression des autorités françaises puis allemandes, et malgré les errements de la politique soviétique et de la direction du parti, de premiers embryons de Résistance communiste voient le jour dès le mois de juin 1940. Quelques tracts, imprimés clandestinement à Mont-de-Marsan et à Carcen-Ponson sont ainsi distribués dans le sud du département. Après ces premières actions extrêmement limitées, l'organisation communiste commence à se reconstruire dans l'illégalité. De premières réunions clandestines ont ainsi lieu à Boucau et à Tarnos, autour d'un petit cercle de militants se retrouvant au café " Ayute ". Rapidement, ils peuvent constituer les premiers " triangles " de direction qui servent de base à l'organisation clandestine du parti. Jean Paillé, ancien secrétaire de la mairie de Tarnos et de l'UD C.G.T. des Landes, exclu de ses fonctions suite à son soutien au pacte germano-soviétique et entré dans la clandestinité, joue un rôle essentiel dans cette reconstruction, car il est parvenu à maintenir le lien avec la direction du parti. C'est à son initiative que le premier responsable politique régional est ainsi dépêché dans la zone occupée des Landes et des Basses-Pyrénées pour mettre en place le premier triangle de direction. Celui-ci est composé de René Duprat (" Désiré ") d'Anglet, de Clément Laborde (" César ") de Mouguerre et de Marthe Glize de Boucau. Autour de cette nouvelle structure s'organisent les premières actions d'envergure menées par la Résistance communiste. En novembre 1940, une distribution de tracts est ainsi organisée aux Forges de l'Adour par un groupe des Jeunesses communistes d'Anglet-Biarritz, rapidement suivie d'une seconde, quelques semaines plus tard. Les réseaux clandestins de transfert en Espagne, qui ont déjà permis aux communistes d'apporter leur soutien aux républicains espagnols, sont également réactivés, permettant aux militants menacés, puis aux réfractaires des chantiers de la jeunesse et du S.T.O., de fuir. Plus de 1 000 personnes franchissent ainsi la frontière par voie terrestre dans la région de Ciboure ou par la mer au départ de Bayonne.

À partir de 1941, les mouvements de Résistance communiste se heurtent à une répression accrue, et afin de maintenir leur activité, ils doivent régulièrement réorganiser leurs structures clandestines et trouver de nouveaux responsables pour remplacer les militants arrêtés et déportés. Au début de l'année 1941, plusieurs militants ayant participé à la reconstruction du parti sont ainsi arrêtés. D'autres responsables communistes importants de l'entre-deux-guerres, comme Vital Gilbert et Albert Mora, sont assignés à résidence, et Jean Paillé, tout en continuant d'implanter des imprimeries clandestines dans la région de Bordeaux, est désormais traqué par la police. Le 27 mars 1941, l'ensemble du groupe des Jeunesses communistes d'Anglet-Biarritz est également arrêté. Pour autant, de nouveaux groupes se constituent parallèlement à la répression et se lancent dans de nouvelles formes d'actions, à la faveur de l'évolution de la politique du P.C.F. face à la lutte clandestine. Imitant le geste de Fabien, qui a abattu l'aspirant Moser à Paris à la station de métro Barbès, plusieurs attentats meurtriers sont ainsi commis, fin 1941 - début 1942, contre des soldats allemands isolés, à Escource et à Moliets. Un groupe Forces unies de la jeunesse patriotique (F.U.J.P.) d'une quinzaine de jeunes résistants se forme également à la même époque dans la région de Boucau-Tarnos. Ce groupe est l'un des plus actifs dans le sabotage des infrastructures allemandes entre avril et octobre 1942, d'abord par la destruction de lignes téléphoniques et de camions allemands, puis par un incendie déclenché dans le cantonnement du Barthassot en mai et, quelques semaines plus tard, par un autre au dépôt de paille de la halle de la gare de Bayonne.

Mais dans la même période, la pression des autorités allemandes se fait plus grande, et l'étau se resserre sur les divers groupes communistes. Déjà, Jean Paillé, traqué par la police et condamné à dix-huit mois de prison par contumace (il sera finalement arrêté en février 1943, déporté au camp de Mathausen où il décèdera), doit abandonner la direction régionale du Parti communiste clandestin entre les mains d'André Arlas. Ce dernier est lui-même arrêté le 25 juillet 1942 à Bordeaux, avant d'être déporté à Mathausen. En septembre et octobre 1942, la vague d'arrestations s'intensifie, touchant tout l'appareil clandestin et culminant dans la nuit du 26 au 27 octobre, au cours de laquelle plus d'une vingtaine de militants sont arrêtés, parmi lesquels les principaux dirigeants du groupe des F.U.J.P.. À la suite de ces saignées, les autres groupes résistants, et notamment le réseau Léon des Landes, supplantent définitivement les réseaux de la Résistance communiste, même dans leur fief de Boucau-Tarnos. Il faut attendre les derniers moments de l'Occupation pour voir les communistes regagner une certaine influence dans la Résistance landaise, à la faveur du déclenchement de la lutte armée.

Les difficultés constantes de l'appareil communiste clandestin face à la répression menée par les autorités françaises et allemandes sont sans doute à l'origine de la faiblesse des maquis Francs Tireurs et Partisans (F.T.P.) dans le département des Landes. En effet, alors qu'il existe en 1940 un certain nombre de groupes communistes disséminés sur tout le territoire landais, le passage à la constitution de groupes armés n'a lieu qu'avec difficulté. Après l'automne 1942, le manque de structures clandestines ne permet pas aux militants et aux responsables communistes de mettre en place de tels groupes, alors que d'autres circonstances, comme les débuts du S.T.O. et l'invasion de la "Zone libre", auraient pu être favorables à un recrutement plus massif. Ces conditions profitent donc aux réseaux O.C.M. de Léon des Landes, qui savent mieux s'organiser face à la répression et seuls quelques groupes sont formés dans les zones de Peyrehorade, d'Amou, de Marpaps, d'Argelos, d'Orthevielle, de Saint-Lon-les-Mines, de Mimizan ainsi que dans les Basses-Pyrénées. Il convient également de leur ajouter plusieurs groupes de F.T.P. girondins et lot-et-garonnais qui viennent se réfugier dans les Landes, où il est plus aisé pour eux de se cacher. Au total, les F.T.P. landais ne sont jamais plus de 300 et sont surtout actifs au cours de l'année 1944, au moment de la libération du département. Conséquence et cause de cette faiblesse relative, il est important de signaler que jusqu'à la libération de la région, le " réseau Léon des Landes ", qui bénéficie des parachutages anglais, refuse d'armer les F.T.P..